Prezračevanje sistema je treba izvesti zelo skrbno. Po eni strani je treba odstraniti fermentacijske pline iz greznic, po drugi strani pa zagotoviti ustrezno prezračevanje enote za obdelavo Biorock.
Premer, naveden v navodilih za uporabo naprave BIOROCK, je 100 mm. To je evropski standard in s tega vidika je sistem BIOROCK opravil začetne certifikacijske preskuse in deluje v drugih državah.
Premer 110 mm, ki se pogosto uporablja v Združenem kraljestvu, je minimalni premer. Zaradi potrebnih previdnostnih ukrepov, tako kot pri vgradnji vsakega sistema za prezračevanje sanitarnih prostorov, ne sme biti 90-stopinjskih ovinkov. Sistem odlično deluje pri 45° ovinkih brez povratnega nagiba. Premer dovodnih cevi v greznici mora biti vsaj enak premeru odtoka za odvajanje odpadne vode iz stavbe.